Un’iscrizione posta sulla porta di ingresso attesta che l’antichissima chiesa di San Donato, situata nella via omonima, fu edificata dai “Germani” (ancora oggi esiste a San Giovanni Rotondo il cognome “Germano”), in espiazione delle proprie colpe, nel 1292. Detta iscrizione è tutto quanto vi resta di antico. In origine alla chiesa si accedeva da Corso Regina Margherita. Il restauro più consistente fu eseguito nel 1878, quando il soffitto fu sostituito da una volta con mattoni.
La lunga e ricca storia di San Giovanni Rotondo stride con la penuria di vestigia antiche ben conservate. Ma ciò è da mettere senz’altro in relazione con le calamità naturali e con le distruzioni, incendi e devastazioni patite nel corso dei secoli ad opera degli angioini, degli aragonesi e dei francesi, come si può verificare nella pagina di questo sito dedicata alla ricca storia della città.
La volta della chiesa è ben decorata a tempera con scene del ciclo mariologico, opera degli anni trenta del pittore milanese Natale Penati che ha affrescato anche la chiesetta del convento di Santa Maria delle Grazie e la Chiesa di Sant’Orsola.
